Regido pelo Decreto-Lei n.º 75/2008 de 22 de abril, na sua redação atual, cabe ao Conselho Geral do Agrupamento de Escolas elaborar e aprovar o regulamento interno, preparar as eleições para o Conselho Geral e proceder à eleição do/a Diretor/a do Agrupamento de Escolas de Viana do Alentejo.

Este Conselho tem como grande objetivo reforçar a participação das famílias e comunidade na direção estratégica dos estabelecimentos de ensino, partindo do novo regime de autonomia, gestão e administração escolar.

O Conselho Geral é o órgão responsável pelas linhas orientadoras da atividade do Agrupamento, com respeito pelos princípios consagrados na Constituição da República e na Lei de Bases do Sistema Educativo. A este órgão cabe a aprovação das regras fundamentais de funcionamento da escola (regulamento interno), as decisões estratégicas e de planeamento (projeto educativo, plano de atividades) e o acompanhamento da sua concretização (relatório anual de atividades). 

Enquanto órgão de direção estratégica tem representado o pessoal docente e não docente, os pais e encarregados de educação (e também os alunos, no caso dos adultos e do ensino secundário), as autarquias e a comunidade local, nomeadamente representantes de instituições, organizações e atividades económicas, sociais, culturais e científicas.